四川華西醫(yī)院作為重要的醫(yī)學(xué)科研和技術(shù)創(chuàng)新基地,在中國更佳醫(yī)院排行榜(復(fù)旦版)的科研得分上連續(xù)12年名列全國,在Nature INDEX排行榜上,華西醫(yī)院名列全球第14位,中國位。在為長期基因研究工作鋪平道路的實踐中,華西醫(yī)院著眼于提高基因數(shù)據(jù)的分析能力及優(yōu)化數(shù)據(jù)分析平臺的建設(shè)成本,攜手紫光股份旗下新華三集團(tuán)打造高性能計算平臺,充分發(fā)揮基因測序整體解決方案優(yōu)勢,全力支持精準(zhǔn)醫(yī)療業(yè)務(wù)和研究的開展。
效率與成本兼顧
新華三為基因測序定制高性能計算平臺
為進(jìn)一步提升基因測序的效率,華西醫(yī)院決定在已有全球領(lǐng)先的基因測序平臺上,配合精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)平臺的建設(shè),側(cè)重于利用“超多核CPU+GPU”的強(qiáng)大算力,打造高性能計算平臺,既要能夠立竿見影地顯著提升基因測序和分析能力,還要控制好建設(shè)成本,提高資金的使用效率和平臺建設(shè)的延續(xù)性。在充分了解客戶業(yè)務(wù)場景,新華三集團(tuán)根據(jù)實際部署情況作出了針對性的方案設(shè)計對硬件組件、軟件環(huán)境和管理平臺進(jìn)行全面整合,在滿足性能的前提下,能夠顯著提高基因測序的效率。
強(qiáng)大內(nèi)核 支撐高性能計算平臺加速醫(yī)學(xué)成果轉(zhuǎn)化
新華三集團(tuán)采用4臺搭載8塊NVIDIA A100 GPU和2顆AMD EPYC 7742(一共128個核心、256個線程)處理器的H3C UniServer R5500 G5人工智能服務(wù)器打造出性能強(qiáng)大的高性能計算平臺,從CPU、GPU的算力調(diào)度與整合,到先進(jìn)的軟件和算法,為數(shù)十個科學(xué)家團(tuán)隊提供包括胚系變異檢測、體細(xì)胞變異檢測等場景的算力服務(wù),全力支持科學(xué)家團(tuán)隊的科研工作,加速助力醫(yī)學(xué)成果的轉(zhuǎn)化。
多核異構(gòu)高性能:一直以來,計算能力是基因組分析的瓶頸,而使用GPU加速則可以突破這一瓶頸。新華三的高性能計算平臺結(jié)合使用AMD EPYC 7742的多核心計算能力和NVIDIA A100 GPU強(qiáng)大的并行分析能力,核心胖節(jié)點由10臺R8900 G3關(guān)鍵業(yè)務(wù)服務(wù)器組成胖節(jié)點集群來承載,領(lǐng)先的8CPU+8GPU均衡架構(gòu),超過24TB大內(nèi)存空間,滿足HPC領(lǐng)域各種科研而帶來的海量和復(fù)雜計算對高算力的需求。
軟硬結(jié)合簡部署:華西醫(yī)院高性能計算平臺所采用的R5500 G5服務(wù)器支持NVIDIA HGX A100 8-GPU模組,是首批入選英偉達(dá)認(rèn)證系統(tǒng)的服務(wù)器機(jī)型之一,可獲得英偉達(dá)NVAIE在內(nèi)的整個軟件堆棧的企業(yè)級支持,包括對開源代碼的支持,大大減輕再使用前針對業(yè)務(wù)場景的部署和前期環(huán)境搭建,可以滿足華西醫(yī)院兼顧效率和成本的要求。
智慧算力調(diào)度作業(yè)效率提高32%:新華三集團(tuán)以智能的傲飛高性能計算管理平臺——AI資源區(qū)分管理(AIOS)實現(xiàn)了整個HPC集群的集中管理和智能調(diào)度,使整個系統(tǒng)像一臺機(jī)器一樣,實現(xiàn)統(tǒng)一的監(jiān)測、管理、部署,顯著地提升系統(tǒng)維護(hù)效率,而且能夠采用圖形界面(GUI)的模式,更加簡便和直觀地操作計算節(jié)點控制臺,精準(zhǔn)全面地呈現(xiàn)HPC集群的總體狀態(tài)。同時對HPC批量作業(yè)和AI容器作業(yè)進(jìn)行智能調(diào)度,作業(yè)效率提升32%。
高性能計算平臺為華西醫(yī)院的科學(xué)研究注入強(qiáng)大的動力,發(fā)揮其在多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)分析和基因應(yīng)用等領(lǐng)域的學(xué)術(shù)優(yōu)勢,加速精準(zhǔn)醫(yī)療大數(shù)據(jù)在醫(yī)學(xué)上的廣泛應(yīng)用。未來,新華三集團(tuán)將持續(xù)推進(jìn)“云智原生”戰(zhàn)略的深化,以內(nèi)生智能的智慧計算,夯實數(shù)字大腦底座,助推精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域更多科研突破,以數(shù)字化之力支撐高技術(shù)領(lǐng)域的長遠(yuǎn)發(fā)展。
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